東京召開(kāi)首腦會(huì)議，地點(diǎn)是東京灣的新設(shè)施「Edge of Ocean」。這是一座，會(huì)議舉辦的5月1日當(dāng)天，將動(dòng)用2萬(wàn)2千人警方人員的超巨大設(shè)施。然而不料某天，竟發(fā)生了突如其來(lái)的大規(guī)模爆炸事件！其中，出現(xiàn)了可以掌控全國(guó)公安警察的警察廳秘密組織——通稱(chēng)「ZERO」組織的成員安室透的身影。為何不在會(huì)議當(dāng)天，而選擇在會(huì)議之前引爆呢？以及安室背地里詭異的行為，讓柯南感到事情蹊蹺不已。這時(shí)，現(xiàn)場(chǎng)證物上留下的指紋，竟然與過(guò)去所屬警視廳的毛利小五郎的指紋相吻合！其中到底有什么陰謀？圍繞逮捕小五郎，柯南和安室展開(kāi)了交戰(zhàn)。安室透這個(gè)謎一般的存在，究竟是敵是友？「極秘任務(wù)」的倒計(jì)時(shí)，此時(shí)已經(jīng)無(wú)聲無(wú)息地開(kāi)始了——