骷髏人的故事設定在一個“架空的時代”的“架空的日本”中，故事舞臺則是一個在被稱為“影之都”的巨大企業(yè)支配下的閉鎖都市舞臺。因遠古秘寶骷髏頭盔而擁有超能力的“反英雄”未知主角在這個架空的舞臺上，在正義與邪惡、光明與黑暗、人類與非人類的瓜葛之間穿梭。作為黑暗英雄，一切的憐憫與同情都是多余的。骷髏人并非是善良的正義英雄，在向他露出獠牙之前請考慮清楚。 骷髏人到底是誰？這是本作品的一個特色，不到最后時刻是不會揭示骷髏人的真面目的。可能是主角？可能是貌似善良無能的神父？可能是大伴集團的骨干分子？可能是有名無實的警方？可能是路人A或提供情報者B？現在唯有等待動畫中可能提供的線索或一直看到最后……