「思い出して、翅（はね）があったころのことを」　　1萬2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。　　太陽と月と火星が出會うとき、新たな合體の調(diào)べが流れる──！　　湘南の海に浮かぶ小島、江の島?！　∶坤筏韦嗓胜饯武恨xに、〈私立江ノ島學(xué)園〉はある?！　W(xué)園には、全國から優(yōu)秀な子どもが集められ、　　最新の機器を使った英才教育が施されていた。　　特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、　　感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、　　謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。　　戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導(dǎo)かれ、サッコは叫ぶ──?！　　赶胄呛象w！　GO、アクエリオン！」　　繰り返される輪廻の果てに、現(xiàn)れた機械天翅アクエリオン?！　∷廾虮池?fù)った少年少女は、　　得體のしれない団體〈宇宙たまごの會〉や大人たちの思惑が交錯す...